傳統的工控機和無風扇嵌入式工控機的區別，可以分為在結構上、在功能上來區別開。

在工控機的結構上
 
傳統工控機采用4U等類型冷軋板機箱＋金手指主板（全長或半長卡）＋底板＋大功率電源的組合方式
這樣的結構會存在一些不穩定的因素：
  （1）CPU卡要插到底板上會有接觸不良現象，比如振動、運輸過程松動、金手指氧化等均會導致無法開機。
  （2）需要底板和CPU卡之間聯接一些比如ATX信號線。
  （3）CPU卡由底板供電，當底板出現問題時會影響CPU卡無法正常供電，導致系統不穩定（如底板供電電路設計的不合理）；CPU為外插（PGA封裝）方式，連接存在隱患，并需要風扇散熱，風扇與CPU連接及使用壽命為zui大安全隱患
  （4）供電電源功耗過大，電源需要風扇散熱，當風扇出現故障時會導致電源及主板損壞
  （5）CPU卡＋底板的結構會對裝機帶來麻煩（流費時間，要裝底板在裝CPU卡），影響工作效率，不利于大量的裝機工作。

無風扇嵌入式工控機的結構采用全鋁外殼＋嵌入式主板＋外置低功耗電源的組合方式
系統優點：
  （1）全鋁結構的外殼，使散熱更充分，體積小、重量輕。便于安裝攜帶。
  （2）采用先進的嵌入式、低功耗CPU主板及嵌入式技術，和相關外設接口集成在CPU主板上，減少了聯接問題，可避免相關松動問題
  （3）嵌入式CPU主板采用單+5V或+12V直流供電方式，同時配有交流適配器，使現場電源供電方式更豐富，供電更可靠
  （4）由于嵌入式主板的CPU采用BGA（板載）封裝方式，無需顧慮連接問題，并采用免風扇設計，使可靠性大大提高，*解決了傳統工控機散熱不足及壽命問題
  （5）對于客戶安裝時只需利用外接插口連接硬盤及內存，即可使用，縮短了裝機時間，提高了工作效率。
總結：CPU卡與底板或外部接口存在大量的聯接線，就導致系統聯接松動或接錯的問題，帶來整個系統的不穩定（就如系統中有風扇）；嵌入式工控機采用先進的技術，從根本上解決了傳統工控機無法解決的問題，使系統更穩定，結構更精悍。

在工控機的功能上
 
傳統工控機由CPU卡驅動無源底板上的相關接口卡 
存在隱患：
  （1）CPU卡與相關外設卡這間的信號走線長，存在信號衰減與干擾。（對于高精度信號采集行業影響更大）
  （2）由于外設卡要插在無源底板上，受主板驅動能力的影響有時無法驅動更多的外設卡（如有時無源底上第三塊PC設備無法工作）
  （3）由于底板上有橋芯片存在監容性問題
  （4）傳統工控機對于更先進的外設沒有預留接口，（如：AGP槽，對于要求更高顯示性能的要求無法實現，給客戶帶來不便要么付出更高成本采用PCI顯卡，或功能跟本無法實現）
 
優點：
（1）擴展槽較多，提供傳統ISA、PCI擴展
（2）傳統的ISA、PCI設備價格便宜
 
采用嵌入式主板，采用PC104或PCI104等擴展方式 
系統優點：
  （1）嵌入式主板一般采用PC104（相當于IAS）、PCI104（相當于PCI）、MIN PCI等擴展形式，信號線更短，信號衰減與干擾更小，接插更牢固、可靠。
  （2）PCI，ISA橋芯片集成在主板上，系統驅動與監容能力更強
  （3）嵌入式主板集成DIO，TV-OUT，Audio,單雙網口，多串口、多USB口等主流接口，為客戶提供了更豐富的接口，使客戶擴展更容易。成本更底。
  （4）而LCD接口又是嵌入式主板的一大特色，它可以使用戶直接連接液晶顯示屏，比傳統的VGA模式減少了A/D轉換的麻煩，減少安全隱患。
  （5）不僅可以上標準的操作系統，同時提供嵌入式操作系統：Windos CE、LINX、Windos XPE等，使系統更簡潔、啟動更快、穩定性更高，同時避免了意外關機造成的系統損壞等問題。
 
缺點：
（1）擴展性相對較弱，不提供傳統ISA接口
（2）PC104等擴展設備價格較高
總結：傳統工控機由于其主板的驅動能力和監容性問題會給實際系統應用帶來不便，更會因為缼少主流的接口而給客戶帶來采購成本的上升。嵌入式主板由于接口更豐富，接口更主流，為客戶提供了很大的選則空間，降低成本。